Po vyhlášení Národního parku Šumava (20.3.1991) byly o dva roky později vymezeny tři souvislé bezzásahové zóny zahrnující přírodovědecky nejcennější části území: Modravské slatě, Trojmeznou a malou výměru lesních porostů u Prášilského jezera. Strategie vymezení větších celků se zachovalou přírodou a jejich ponechání samovolnému vývoji měla své opodstatnění.
Splňovala základní poslání ochrany přírody v národních parcích:
Divočina jako atraktivita, jedinečné přírodní divadlo, kde můžeme zblízka sledovat přírodu v její nespoutané volnosti.

Na tyto tři bezzásahové celky vedené jako první zóny navazovaly plochy lesů zařazené do druhé zóny (méně přísný režim ochrany přírody), kde se průběžně zasahovalo proti kůrovci stejně jako ve všech ostatních vymezených prvních zónách. Celková plocha I. zóny činila 22% výměry NPŠ. Když vedení parku v srpnu a září r. 1993 úspěšně dokončilo převzetí lesního majetku od organizací Lesy České republiky a Vojenské lesy a statky pod Správu NP, zdálo se, že prioritou v péči o šumavské lesy bude konečně ochrana přírody namísto doposavad upřednostňovaných ekonomických zájmů (těžba a prodej dřeva). O rok později však dochází k náhlým změnám ve vedení a do funkce ředitele Správy je Ministerstvem ŽP dosazen ing. Ivan Žlábek, bývalý pracovník Lesprojektu.

Změny ve vedení jsou provázeny převratnými změnami v ochraně šumavských lesů:
dochází k rozdrobení ucelených prvních zón do 135ti převážně maloplošných ostrůvků navíc rozptýlených po celém území parku (výměra I. zóny se snižuje na 13%). Pod přísnou ochranou zůstávají převážně rašeliniště a malé lesní celky s přirozenou druhovou skladbou navzájem od sebe izolované. V prostoru mezi nimi začíná člověk znovu zasahovat do přírodního vývoje. Na takto malých plochách nemůže být důsledně zajištěna ochrana všech přírodních složek, zejména ne živočichů strádajících nedostatkem klidu a prostoru (kupř. tetřev).
Problematice prvních zón je věnována samostatná kapitola "Péče" o první zóny

Zvláštní kategorií je tzv. "bezzásahové" území v příhraniční oblasti Modravska, vyhlášené v r. 1995 a rozšířené v následujících dvou letech na celkovou výměru 1326 ha, kam spadají porosty smrčin v té době již plošně napadené kůrovcem. Nyní v nich přežívá necelých 10% smrků mezi převážně stojícími soušemi.